Czeski rząd 9 grudnia 1990 roku podjął kluczowa decyzję mającą wpływ na rozwój przemysłu motoryzacyjnego i krajowej ekonomii. O tym, kto ostatecznie zostanie właścicielem Škody, długo dyskutowano w czeskich gospodach.
Po upadku komunizmu nie było wątpliwości, że czeski producent samodzielnie nie będzie w stanie kontynuować rozwoju i stanowić rynkowa konkurencję. W tym czasie produkowany był Favorit, ale potrzebne były inwestycje i mocny partner.
Z 24 producentów, a w dalszej kolejności 12, do ostatecznej rozgrywki wybrano dwie oferty. W sierpniu 1990 roku o Škodę walczył koncern Volkswagen i konsorcjum Renault/Volvo. Francuzi chcieli w Mlada Boleslav produkować małe Twingo, a Volkswagen oferował szersza współpracę. Ostatecznie wybrano ofertę Volkswagena.
ŠKODA – wraz z modelem elektrycznym Enyaq iV pojawią się najnowsze systemy bezpieczeństwa
W marcu 1991 roku przedstawiciele czeskiego rządu oraz Škody i Volkswagena podpisali umowę o utworzeniu spółki akcyjnej. Partner strategiczny zadeklarował inwestycje oraz budowę fabryki silników.
Od tego momentu rozpoczęła się modernizacja Škody, a pierwszym efektem współpracy z niemieckim koncernem była Škoda Felicia, a w dalszej kolejności Octavia, Fabia i Superb.
W 1998 roku spółka zmieniła nazwę na Škoda Auto, a. s., a w 2000 roku Volkswagen został stuprocentowym właścicielem. Obecnie firma produkuje 9 modeli samochodów (Octavia, Fabia, Citigo iV, Superb, Scala, Kamiq, Karoq, Kodiaq oraz pierwszego elektrycznego SUV-a Enyaq iV). W ramach koncernu dostarcza jednostki napędowe i przekładnie do modeli produkowanych przez różne marki.
W Czeskiej Republice Škoda Auto ma trzy zakłady – Mlada Boleslav, Kvasiny i Vrchlabi. Produkuje także w Chinach, Rosji, Algierii, na Słowacji i w Indiach. Na Ukrainie i w Kazachstanie współpracuje z lokalnymi partnerami. Obecnie Škoda Auto zatrudnia po9nad 39 tys. pracowników, z czego prawie 34 tys. w Czechach.